尽管人们对鱼菜共生早在哪里出现有一定争议，但在久远的年代确能找到其存在和痕迹。在古代，蔬菜大棚，中国南方和泰国、印度尼西亚等东南亚国家就有稻田养鱼的历史，养殖的种类包括：鲤鱼、鲫鱼、泥鳅、黄鳝、田螺等。比如浙江丽水稻田养鱼，距今1200多年历史。

由于受困于干旱缺水的气候条件，1970年代以来，澳大利亚的园艺爱好者们成为鱼菜共生早期的者，借助互联网的开放性，在世界各地播下了火种。在知识和经验分享的过程中，鱼菜共生园艺得到快速发展，逐渐成为一场性的活动爱好。

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由于大棚内的温度与外界具有一定的差异性，施肥需适量，蔬菜大棚骨架，避免过量施肥造成土壤变质。适当增加施磷钾肥，减少氮肥使用。

大棚蔬菜种植要求相对较高，不管是土壤的质量程度，还是施肥管理都有高要求，需从科学角度出发。选择种植的蔬菜土地要平整、精细，在种植前对土地要翻新、施肥、除草等。

在传统的水产养殖中，随着鱼的排泄物积累，水体的氨氮增加，毒性逐步增大。而在鱼菜共生系统中，水产养殖的水被输送到水培栽培系统，蔬菜大棚建设，由细菌将水中的氨氮分解成亚然后被硝化细菌分解成，蔬菜连栋大棚，可以直接被植物作为营养吸收利用。鱼菜共生让动物、植物、微生物三者之间达到一种和谐的生态平衡关系，是可持续循环型零排放的低碳生产模式，也是有效解决农业生态危机的有效方法。

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